Компонент подойдёт для тёмной секции?

Этот — да: у него собственная тёмная палитра, а не инверсия светлой. Светлый аккордеон на тёмном фоне выглядит вырезанной наклейкой, поэтому вариантов два, и выбирается тот, что совпадает с секцией.

Как переопределить цвета под свой бренд?

Задайте переменные --vibeui-accordion-011-* у любого родителя. Они объявлены в :where() с нулевой специфичностью, поэтому перебиваются без !important и без правки файла.

Почему у открытого раздела градиент, а не тень?

На тёмном фоне тень не видна: затемнять уже тёмное нечем. Поэтому активный раздел светлеет и получает подсветку от левого края — приём, который работает и на чёрном, и на графитовом фоне.